日治時期臺灣最高權力機關。1895年（明治28年）5月8日，中國清朝與日本簽訂「馬關條約」，清朝割讓臺灣於日本。日本政府於5月10日任命海軍大將樺山資紀為臺灣總督，5月21日制訂「臺灣總督府假（暫行）條例」，於總督府內設民政、陸軍、海軍3局。民政局設內務、外務、殖產、財務、學務、通信、司法7部，為臺灣統治之綜合機關。
6月17日，總督府在臺北舉行「始政式」。因臺灣各地仍有抵抗，日本中央政府之內閣總理於7月18日宣布臺灣仍實施軍政，8月6日根據陸軍省命令，臺灣總督府改組為軍事官衙。1896年4月復歸民政，以「臺灣總督府條例」規定：於臺灣置臺灣總督，管轄臺灣島及澎湖列島；總督由日本天皇親自任命，以陸海軍大將或中將充任，在日本內閣拓殖務大臣監督下統理政務；總督之下設民政、軍務二局。民政局分總務、內務、殖產、財政、法務、學務、通信7部。1897年10月，總督府內部除設陸軍幕僚、海軍幕僚之外，設民政局與財務局。
1898年兒玉源太郎總督蒞任，6月總督府改組，廢除民政局與財務局，改設民政部，掌行政、司法，首長為民政長官，另設審議、立案之參事官長，後藤新平、石塚英藏分別擔任民政長官和參事官長。1901年，民政部改組，設警察本署及總務、財務、通信、殖產、土木5局。1905年廢參事官長專任制，改以總務局長兼任參事官長。
1919年（大正8年）8月，總督府官制進行重大調整，將總督由武官任用的條件廢除，另設臺灣軍司令官專責軍事，臺灣總督府專理民政。1945年（昭和20年），除總督府官房外，共有文教局、財務局、鑛工局、農商局、法務部、外事部。
1942年，基於日、臺行政一元化，規定日本內閣內務大臣為監督臺灣總督府，對臺灣總督擁有指示權。內閣總理大臣及各省大臣也得以就具體事項進行指示。
日治時期共任命19位臺灣總督，前期（1895-1919年）以陸軍或海軍之中將、上將擔任，稱為武官總督，包括樺山資紀、桂太郎、乃木希典、兒玉源太郎、佐久間左馬太、安東貞美、明石元二郎共7位；中期（1919-1936年）以出身政友會、憲政會、民政會等政黨的文人出任，稱為文官總督，包括田健治郎、內田嘉吉、伊澤多喜男、上山滿之進、川村竹治、石塚英藏、太田政弘、南弘、中川健藏共9位；後期（1936-1945年）因時局需要而改任武官總督，包括小林躋造、長谷川清、安藤利吉共3位。
1945年日本戰敗投降後，總督府在臺灣省行政長官公署陳儀、臺灣總督安藤利吉的督管下，執行交接與善後工作，完成日軍與日人的遣送、日產移交處理等任務，1946年5月30日，總督府正式廢除。
撰稿者：吳密察最後修訂日期：98年09月24日參考資料：1 *臺灣總督府。1945。《臺灣統治概要》。臺北：臺灣總督府。2 *黃昭堂。2003。《臺灣總督府》。臺北：鴻儒堂。
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